中国国民党“总统”候选人马英九以绝对优势赢得“大选”，在日本媒体、学术界引起了广泛了关注，纷纷猜测和评价这次选举对将来日台关系的影响。有日本媒体认为，马英九上台后台湾可能逐渐向中国靠近，“若中台接近，将给东亚形势造成很大影响”，日本应该做好充分的准备；也有媒体分析说，马英九上台后日台关系有望更加稳定，因为马英九将“推进基于经济的、务实的日台关系”。在学术界，有的学者对国民党赢得“立法院”2/3席位后再拿下“总统”大位表示“担心”，称台湾变得太快，“日本会不容易适应”；但也有学者表示，马英九胜选给日本带来良机。

日本媒体对马英九当选反应不一

“这是一个比较敏感的话题。”就日本如何看待马英九当选对日台关系的影响，刚刚采访完台湾“大选”回到北京的日本《朝日新闻》驻中国记者这样说。该记者说，其实对日本来说，不管是马英九当选还是谢长廷当选，差别不是特别的大。“马英九当选对日台关系有不利的影响，但也有好的一面”。

这位《朝日新闻》记者显然对马英九当选对日台关系的影响存在复杂的看法，这一点在马英九当选后日本各大媒体的报道和评论中反映地也非常明显。日本《产经新闻》就在报道中说，“战后，国民党统治台湾超过50年，至今其干部中仍有很多外省人”，“在祝愿台湾民主体制继续发展的同时，我们也希望，日本政府能够从政治、外交、经济和安全等广泛的领域出发，针对台湾‘政权’更迭造成的地缘政治变化做出充分准备。”该文章还指出，日台关系存在着不稳定因素，“国民党仍然残留有反日倾向”，而马英九个人在尖阁群岛（钓鱼岛）问题上与日本也存在分歧。文章最后还强调，“台湾是日本的生命线，我们应该对台湾的变化保持超出以往的关心”。

但也有日本媒体对马英九当选后的日台关系表示“乐观”。日本《朝日新闻》3月24日就在题为“马当选后日台关系有望稳定”的文章中援引分析人士的话说，“反对党候选人马英九赢得‘总统’选举不可能改变目前日本与这个岛屿的关系。”该文章报道称，熟悉日台关系的消息人士表示，与现任的民进党籍“总统”陈水扁相比，马英九将更加着力推动基于经济的、务实的日台关系。文章还分析说，陈水扁把“外交”的重点放在联合美国、日本对抗中国大陆上，但国民党重视改善台湾与中国大陆的关系，重视恢复陈水扁时期恶化的与美国的关系。“所以，‘新政府’可能会在美国、中国大陆和日本之间保持平衡”。此外，《日本时报》也援引马英九“外交”幕僚的话说，在5月20日就职之前，马英九有望访问美国和日本。“马英九访问美日主要就是为了重建台湾与美日的沟通渠道以及相互信任关系”。